La FATO bénéficie du soutient de nombreux partenaires à travers le monde. La plupart intervienne dans le domaine de la santé et de l’aide aux personnes handicapées.
Il s’agit notamment de : ISPO-International,Handicap International, MISEREOR, Mission de coopération du Grand-Duché de Luxembourg, Proteor, CICR, JANTON, SHI - l’Institut Suédois des Aides
Techniques (ISAT), Réhabilitation International (RI), Agence suédoise de coopération internationale au développement, Stockholm, Suède (ASDI), Institut Africain de Réadaptation, Otto Bock-France, etc.

Les partenaires fédératifs de la FATO sont : Inclusion Afrique et Océan Indien (IAOI), Fédération Ouest Africaine des Masseurs Kinésithérapeutes (FOAK), Fédération d’Afrique Centrale des Associations pour personnes Handicapées (FACAPH), Fédération Ouest Africaine des Personnes Handicapées (FOAPH), Comité International des Jeux de l’Avenir des Personnes Handicapées de l’Afrique Francophone (CI/JAPHAH)